Наше личное восприятие не доказывает Его присутствие или отсутствие, и мы не можем строить теории на основании только парочки мест. Я думаю тут немного иначе... Вся земля полна Его славы, это значит что Он всё же везде. Это как в церкви, собрались люди вместе, но не все ощущают Его (проявленное) присутствие. Всё же есть разница того что Он везде и того где Он решил проявить своё присутствие.
Когда облако сошло в храм это не значит что в этот момент Бог был только в храме, а по всему Израилю Его не было. Где двое собрались во имя Его Он там есть, и таких групп по двое и трое в Его имя может быть множество одновременно и везде Он присутствует. Речь не только в том везде Он или не везде, а в том как это воспринимает человек, ощущает Он это или нет. Да и к тому же мы верующие, а не чувствующие.
---
Такое понимание (ИМХО) может опять же представлять Его не таким какой Он есть на самом деле.
Мы этого не видим только потому, что мы ограничены физическим зрением. В такой теории мы можем дойти до того что не всё Он видит, а значит мы можем что то утаить от Него или скрыться. И опять же это представляет Его не таким каким Он есть.