Ученые исследовали состав пород в море на том участке, где ранее находилось жерло вулкана, также они составили топографические карты этого района, используя батискафы и данные аквалангистов. В ходе исследования на северо-западе архипелага под водой они обнаружили канал, глубокие стенки которого и структура дали понять, что стенки супервулкана разрушились до проникновения морской воды в жерло. Этого говорит об ином происхождении цунами, существование которого подтверждают следы морской воды и морского песка в минойских дворцах на Крите — считается, что песок и вода могли попасть туда при высоте волн у берега более 10 метров.
Проанализировав породы в центре ранее существовавшего единого острова, ученые выяснили, что его часть начала разрушаться после того, как магма проникла к лагуне с морской водой, находившейся в центральной части острова. Взрыв вызвал приток магмы на южной части острова — ее объем превысил 16 кубических километров. Магма, попав в Эгейское море, покрыла дно у южной части побережья, сформировав 60-метровый слой пород. Сформировались цунами высотой более 35 метров, но у Крита высота волн уменьшилась до 10 м. Затем последовал обвал стенок супервулкана, морская вода начала заполнять котловину, наполнив ее примерно за 40 минут.
Судя по данным ученых, геологическая катастрофа развивалась стремительно, что говорит о необходимости усиленного мониторинга супервулканов.