да, именно материальной. небом, думаю, здесь названо творение духовного мира. т.е. небо - выражение духовного творения, земля - физического. однако, я вижу как постепенно на протяжении книги Бытия идёт постепенная фокусировка при общих сообщениях. попробую объянить. Быт.1:1 говорит о сотворении духовного и физического мира. начиная с Быт.1:2 внимание читателя фокусируется на физическом, конкретно, на Земле. начиная со 2-ой гл. фокусировка переходит конкретно на человека. начиная с 12-ой главы на становлении, конкретно, еврейского народа. и по мере того, как происходит эта самая фокусировка всё остальное становится лишь окружающим фоном.
пустота и бесформенность - это не тоже самое, что разрушение и беспорядок. и ни Лопухин ни НЖБ ни слова не говорят о "теории разрыва", насколько я помню. по крайней мере, касательно Лопухина это не выражает богословское понимание ПЦ.