Строго говоря, причиной потопа был человеческий грех: "И увидел Господь, что велико развращение человеков на земле, и что все мысли и помышления сердца их были зло во всякое время; и раскаялся Господь, что создал человека на земле, и восскорбел в сердце Своем." (Быт 6:5-6)
Т.е. дикие животные гнева Божьего не заслужили. Правда, далее там сказано: "И сказал Господь: истреблю с лица земли человеков, которых Я сотворил, от человека до скотов, и гадов и птиц небесных истреблю, ибо Я раскаялся, что создал их." (Быт 6:7). Но не очень понятно, в чём смысл уничтожать вместе с человеком и всю живую природу? Поэтому я склоняюсь к мысли, что когда в этих главах книги Бытия говорится обо ВСЕХ тварях, то имеются в виду, скорее всего, ВСЕ ДОМАШНИЕ животные - скот и птица.
Кстати, в результате бурного движения потоков воды, а также в результате засоления пресных вод должны были бы исчезнуть и многие виды растений и пресноводных рыб.
Так что, я думаю, дикие животные должны были как-то спастись сами. В горах, например. Вряд ли на Земле есть столько воды, чтобы покрыть все горы. В рассказе о Ное говорится об Араратских горах, но мы не можем быть уверены, какие именно горы тогда назывались Араратскими. Известно множество случаев, когда старые географические названия давались новым места. Возможно, что нынешний Арарат просто назван в честь какой-то другой, менее высокой горы.
Тут ещё есть один вопрос. В 8 главе книги Бытия сказано, что сразу после высадки из ковчега Ной принёс Богу жертву. "И вышел Ной и сыновья его, и жена его, и жены сынов его с ним; все звери, и все гады, и все птицы, все движущееся по земле, по родам своим, вышли из ковчега. И устроил Ной жертвенник Господу; и взял из всякого скота чистого и из всех птиц чистых и принес во всесожжение на жертвеннике." (Быт 8:18-20) Так откуда размножились животные, если спасённых тварей Ной и вправду сразу в жертву принёс?