Читаем у Луки:
се, Ангел Господень явился ему во сне и сказал: Иосиф, сын Давидов! не бойся принять Марию, жену твою, ибо родившееся в Ней есть от Духа Святаго; родит же Сына, и наречешь Ему имя Иисус, ибо Он спасет людей Своих от грехов их.
А все сие произошло, да сбудется реченное Господом через пророка, который говорит: се, Дева во чреве приимет и родит Сына, и нарекут имя Ему Еммануил, что значит: с нами Бог.
Встав от сна, Иосиф поступил, как повелел ему Ангел Господень, и принял жену свою, и не знал Ее. Как наконец Она родила Сына Своего первенца, и он нарек Ему имя: Иисус.
Как видим, Лука не видит особой проблемы в разнице имён. Вообще, в Писании два имени человеку даются часто: Савл-Павел, Симон-Пётр, Иаков-Израиль и т.д. Но, как правило, второе имя даётся как символ изменения сущности человека, его перехода из обычного бытия в служение Богу.
Могу сделать предположение, что имя Иисус, с одной строны, должно было до поры скрыть от людей то, что Он - Сын Божий. С другой стороны, из слов Ангела видно, что имя Иисус соответствует тому делу, которое тогда поручил Ему Отец Небесный - "спасти людей Своих от грехов их". А теперь Он, возможно, придёт под именем Еммануил.